環境

ツール バージョン
Visual Studio 2015
MSBuild 14.0.25420.1

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MSBuild.exe /t:Rebuild /p:Configuration=Debug ~\path\to\solution.sln
MSBuild.exe /t:Rebuild /p:Configuration=Debug ~\path\to\project.csproj

MSBuild Command-Line Reference https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms164311.aspx

MSBuild オプション基礎文法最速マスター - secretbase.log http://cointoss.hatenablog.com/entry/2012/09/14/220425